Neben u.a. ein Buch über Geographie hat Glareanus 2 Werke an Musik gewidmet.
Als erstes 'Isagoge in Musicen' (1516). Es handelt von den Grundbegriffe der Musik, und wurde wahrscheinlich für den Musikunterricht benutzt.
Sein wichtigstes Werk ist die 'Dodecachordon' (buchstäblich: 12-seiten Instrument), publiziert in 1547 in Basel.
Es ist ein umfangreiches Werk mit Verhandlungen über Philosophie, Biografien und Musiktheorie, in 3 Teilen mit 120 kompletten Kompositionen von Komponisten aus früheren Generationen.
Das erste Teil widmet sich eine Studie über Boethius der im 6. Jahrhundert ausführlich über Musik publiziert hat. Der zweite Teil beschreibt die Benutzung der Modi in gregorianische Gesänge und im Monophonie. Das letzte Teil enthalt ein ausführliche Studie über der Modi innerhalb polyphone Musik.
Der wichtigste Erkenntnis aus der Dodecachordon ist Glareanus These das es 12 Modi gibt, statt der bis dann bekannte 8, wie wiedergegeben im unterstehender Übersicht.

Es gab im Mittelalter 8 modale oder Kirchen-Tonleiter, unterteilt in 4 Haupttonarten (authentisch) jeder mit einen abgeleiteten (plagal). Die Tonart wird bestimmt von den letzten Ton (finalis) und von dem Umfang(ambitus). Die Nahmgebung der Tonleiter ist (falsch, denn Reihenfolge und Tonsystem sind verschieden) abgeleitet von der antiken griechischen echoii. Die Tonleiter werden geformt durch die weißen Klaviertasten innerhalb der ambitus.

frühe Einteilung	spätere Einteilung	Name	ambitus (Umfang)	finalis (letzter Ton)	dominant
1. Kirchentonleiter Protus authentisch	I	dorisch	d-d	d	a
Protus plagal	II	hypo-dorisch	a-a	d	f
2. Kirchentonleiter Deuterus authentisch	III	phrygisch	e-e	e	c
Deuterus plagal	IV	hypo-phrygisch	b-b	e	a
3. Kirchentonleiter Tritus authentisch	V	lydisch	f-f	f	c
Tritus plagal	VI	hypo-lydisch	c-c	f	a
4. Kirchentonleiter Tetrardus authentisch Tetrardus plagal	VII VIII	mixolydisch hypo-mixolydisch	g-g d-d	g g	d c
durch Glareanus hinzugefügt:
(a-a ist gleich an der authentische Moll Tonleiter)	IX X	aeolisch hypo-aeolisch	a-a e-e	a a	e c
(c-c ist gleich an der Dur-Tonleiter)	XI XII	ionisch hypo-ionisch	c-c g-g	c c	g e

Neben dieser 12 modi gab Glareanus noch 2 weitere Tonleiter einen Namen:

hyper-aeolisch	authentisch	b-b	b
hyper-phrygisch	plagal	f-f	b

Er verwarf diese Tonleiter als unpraktisch wegen der verminderte Kwinte b-f. Später sind diese umbenannt in lokrisch und hypo-lokrisch.
Der Dominant ist der Ton der zum finalis leitet. In unserm heutigen System kennen wir auch noch eine derartige Verbindung zwischen der 5.(dominant) und 1. Ton eines Tonleiters.
Der Dodecachordon war ein einflussreiches Werk, spätere Wissenschaftler übernahmen das System der 12 Modi. Heutzutage ist der Unterschied zwischen authentische und plagale Form der Modi nicht gängig mehr und so haben wir noch 6 Modi (7 wenn man lokrisch mitrechnet).