Neben u.A. ein Buch über Geographie hat Glareanus 2 Werke an Musik gewidmet.
Als erstes 'Isagoge in Musicen' (1516). Es handelt von die Grundbegriffe der Musik, und wurde warscheinlich für den Musikunterricht benutzt.
Sein wichtigtes Werk ist die 'Dodecachordon' (buchstäblig: 12-seiten Instrument), publiciert in 1547 in Basel.
Es ist ein umfangreiches Werk mit Verhandlungen über Philosophie, Biografieën en Musiktheorie, in 3 Teilen mit 120 komplette Kompositionen von Komponisten aus frühere Generationen.
Das erste Teil widmet sich eine Studie über Boethius der im 6. Jahrhundert ausführlich über Musik publiciert hat. Das zweite Teil beschreibt die Benutzung der Modi in gregorianische Gesänge und im Monophonie. Das letzte Teil enthalt ein ausfürliche Studie über der Modi innerhalb polyphone Musik.
Der wichtigste Erkenntnis aus der Dodecachordon ist Glareanus These das es 12 Modi gibt, statt der bis dann bekannte 8, wie wiedergegeben im unterstehenden Übersicht.

Es gab im Mittelalter 8 modale oder kirchen-Tonleiter, unterteilt in 4 Haupttonarten (authentisch) jeder mit einen abgeleiteten (plagal). Der Tonart wird bestimmt von den letzten Ton (finalis) und von der Umfang(ambitus). Die Namgebung der Tonleiter ist (falsch, denn Reihenfolge und Tonsystem sind verschieden) abgeleitet von der antiken griechischen ehoii. Die Tonleiter werden gefomt durch die weiße Klaviertasten innerhalb der ambitus.